Las preocupaciones de los amigos de Pablo por su seguridad en Jerusalén probaron tener razón. Santiago y los ancianos en la iglesia de Jerusalén le recibieron cordialmente; ellos estaban ansiosos de su llegada, al saber por otros acerca de los reportes que decían que él había enseñado a los judíos acerca de abandonar a Moisés (Hechos 21:17-21). Entonces se propuso que él públicamente mostrara su respeto por las costumbres Judías. Cuatro hermanos iban a ser purificados por el rito en el templo por ser nazarenos; ellos le pidieron a él que ayudara o estaba de acuerdo en pagar sus gastos. De esto estaba de acuerdo porque mientras que Pablo insistió que ningún gentil debía observar los ritos, y aunque él mantenía que ningún cristiano Judío debía ser obligado a observar esto, él no encontró ningún problema con los Judíos que querían observarlos (Hechos 21:22-26).

En el acto de reconciliación sin embargo, resultó el punto problemático sobre el cual le habían prevenido. Los Judíos, fanáticos de la provincia Romana de Asia, viendo a Pablo en el templo, levantaron cargos en su contra. Ellos declararon que él había desafiado los preceptos sagrados; una pelea se desató, y Pablo probablemente hubiera perdido su vida si no hubiera sido por un comandante del ejército Romano de un castillo cercano (el Castillo de Antonio, que servía de dormitorio para el ejército) quien vino rápido en contra de la muchedumbre. El tribuno Claudios Lisías al respecto de Pablo lo acusó como el causante del disturbio; lo encadenó a un par de soldados, uno a cada lado y luego pidió testimonio de la gente alrededor. Cuando la gente no se puso de acuerdo, pues unos decían una cosa y otros otra, él llevó a Pablo al dormitorio del ejército. La muchedumbre enfurecida gritaba "mátalo, mátalo" (Hechos 21:27-36).

Pablo, llegando a la fortaleza pidió permiso al tribunal para dirigirse a la muchedumbre en las escaleras del castillo. La muchedumbre escuchó su defensa hasta que mencionó la palabra "gentiles" y luego la violencia saltó de nuevo (Hechos 22:21-22). El Tribunal, para su seguridad rápidamente lo entró a la fortaleza y dio orden de interrogarlo y con castigos sacarle la verdad acerca de lo que estaba sucediendo. Por apelación a su ciudadanía Romana se impidió que se azotara (Hechos 22:24-29).

Al día siguiente Pablo fue llevado a juicio delante del Sanedrín pero ellos no pudieron llegar a una solución para resolver el caso, gracias a la estrategia de Pablo para defenderse de sus enemigos (Hechos 23:6-10=.

Luego 40 hombres, como es obvio asesinos o sicarios, trataron de asesinarlo, jurando no comer ni beber hasta que lo hubieran hecho. Pero el hijo de la hermana de Pablo escuchó y advirtió a su tío y al tribuno Romano (Hechos23:12-22). Entonces el tribuno ordenó llevar a Pablo a Cesárea esa misma noche bajo una fuerte guardia de 500 soldados. El hecho de que Pablo fuera ciudadano Romano lo hizo lícito que fuera transferido a cargo de Filipo, el Procurador Romano a una distancia segura de la insurrección (Hechos 23:23-35).

En el viaje de 60 millas cumplió dos presentaciones delante de Filipo y no llegó a ningún resultado decisivo. Debido a la obstinación del procurador de deponer el caso, Pablo fue dejado en prisión durante dos años en Cesárea, hasta que Festas Prosías, en el año 59 o 60 D.C. llegó como sucesor de Filipo (Hechos 24:1-27=.

Así pues, como resultado de una coalición menor de los revolucionarios judaicos en Jerusalén, la libertad de Pablo llegó a su fin, y todos los planes que tenia de viajes misioneros también se acabaron. Sería interesante conocer cómo el Apóstol Pablo utilizó su tiempo durante el encarcelamiento en Cesárea. Aunque algunos expertos opinan que varias de las cartas fueron escritas en esta prisión, la evidencia señala mas bien que fue durante su encarcelamiento en Roma. Probablemente sin embargo, él fue capaz de tomar una medida par continuar con ciertos asuntos de la iglesia porque Lucas dice que sus amigos prometieron visitarle (Hechos 24:23), además de Filipo y su esposa Dursila, que era Judía. Ocasionalmente mandaban por Pablo para escuchar sus enseñanzas acerca de la fe en Cristo, justicia, auto-control y sobre el juicio que iba a venir. Cuando la predicación llegó a ser demasiado personal y alarmante, Filipo simplemente dejó al apóstol diciéndole que mandaría por él luego (Hechos 24:24-26).